●流行病学：跟踪海水养殖动物主要疾病的流行规律及发病特点，为海水养殖动物的疾病防治及健康保障提供行之有效的策略和措施。
●疾病学：明确海水养殖动物主要流行性疾病的病原特性、组织病理特征、以及致病机理等，为疾病的快速诊断与防控提供坚实的理论基础。
●疾病诊断学：建立水产养殖动物主要疾病的检测诊断技术，为养殖一线提供快速、简便、灵敏、准确、经济的疾病检测方法。
●疫苗学：研发多种海水鱼类主要流行性疾病的疫苗制剂，构建完善的疫苗效果评价体系和高效的疫苗使用策略。
●免疫学：以对虾和牙鲆为研究对象，探究水产养殖动物免疫系统的组成、特征及免疫应答规律等。
本研究室自成立以来，立足提升水产动物病害与免疫方向的发展，以解决海水养殖动物病害预防控制关键问题的基础理论及技术开发为研究目标，在海水养殖鱼虾类疾病的病原、病理、流行病学、检测诊断及综合防控等方面，取得了一系列显著性成果：针对海水鱼虾主要病原，构建了免疫学快速检测诊断技术，研发了系列化快速检测诊断技术与产品，解决了水产水产病原现场快速检测、定量检测、混合感染病原快速鉴别的产业难题；构建了国内种类最为丰富的海水养殖鱼虾重要免疫分子及病原的特异性抗体库，应用抗体库初步阐明了海水养殖鱼类免疫系统组成及特性，深入解析了海水养殖鱼虾对病原侵染的免疫应答特性以及病原与宿主之间的相互作用及侵染特征；通过免疫学和反向疫苗学技术研制出了病毒的灭活疫苗及亚单位疫苗，细胞的亚单位疫苗、DNA疫苗、二价和二联疫苗及多表位疫苗，构建了疫苗效果的评价技术体系，研究了细胞因子作为免疫佐剂的效果，以及疫苗的高效免疫策略。