1.国家现代农业产业技术体系：海水鱼产业技术体系，温海深任海鲈种质资源与品种改良(CARS-47-G06)岗位科学家，2017.1—2020.12。

2.国家“十二五”“863计划”现代农业技术领域重大项目“海水养殖种子工程”课题“基于全基因组信息的鱼类遗传选育”（2012AA10A403）的子任务课题“基于全基因组信息的半滑舌鳎遗传选育”。

  参加人：温海深，何峰。2012.1—2015.12。

3.国家“十二五”“863计划”现代农业技术领域重大项目“海水养殖种子工程”课题“海洋名贵苗种规模化生产技术研究（2011AA10A413）”的子课题“太平洋鳕苗种规模化生产技术研究”。

 参加人：李吉方。2012.1—2015.12。

4.国家“十二五”科技支撑计划重大项目课题“海水池塘高效清洁养殖关键技术研究与示范” （2011BAD13B03）。温海深承担子任务课题“花鲈繁育与养殖模式研究”。2011.1—2015.12。

5.国家“十一五”科技支撑计划重大项目课题“滩涂养殖污染控制与清洁生产技术研究与开发”课题（2006BAD09A01）。温海深承担子任务课题“海水养殖鱼类生理学”， 2006.1—2010.12.

6.国家公益性行业(农业)科研专项经费项目“冷水性鱼类养殖产业化研究与示范”(201003055)。温海深承担子任务课题“鲟鱼和鲑鳟鱼养殖模式及产品安全生产技术”，2010.1—2014.12。

7.国家自然科学基金课题“营体内受精的许氏平鮋精子成熟诱导及其获能的生理机制”(41676126)。主持人：温海深。2017.1—2020.12。

8.国家自然科学基金课题“许氏平鲉妊娠生理特征及代谢组学对温度胁迫的响应机制”(41476110)。主持人：温海深。2015.1—2018.12。

9.国家自然科学基金课题“近海低氧环境对卵胎生许氏平鲉繁殖性能的影响与分子内分泌学机制”  (41176122)。主持人：温海深。2012.1—2015.12。

10.国家自然科学基金课题“花鲈渗透调节关键基因的筛选及非编码RNA调控机制”(31602147)。主持人：李昀，参加人：温海深。2017.1—2020.12。

11.国家自然科学基金课题“LncRNA在牙鲆肌肉生长发育中的作用及性别二态性关联分析”(31672642)。主持人：何峰。2017.1—2020.12。

12.中国博士后科学基金项目“牙鲆垂体－卵巢轴的生理功能及其调控机理”(2002031167)。主持人：温海深。2002.1—2003.12。

13.教育部博士点基金课题“芳香化酶在许氏平鮋妊娠期的生理功能分析及温度骤变调控机制”(20120132110008)。主持人：温海深。2012.1—2015.12。

14.教育部新教师基金“CYP19A基因调控区甲基化模式与牙鲆繁殖性能关联研究”(20090132120006)。主持人：何峰。2009.12—2011.12。

15.山东省农业良种工程项目“深远海适养虹鳟优质新品系创制与养殖示范”（2016LZGC003）。主持人：温海深。2016.12—2019.1。

16.山东省重点研发计划(产业关键技术)项目“黄海冷水团优质鱼类绿色养殖技术研究与示范”，温海深主持课题“黄海冷水团主养鱼类繁殖和制种技术”(2016CYJS04A01- 2)。2016.1—2018.12。

17.山东省博士后创新基金“花鲈盐度调控关键非编码RNA的筛选及调控机制的研究”(201602025)。主持人：李昀。2016.10—2018.9。

18.山东省自然科学基金青年项目“溶质转运蛋白（SCLs）基因在花鲈渗透调节中的调控机制研究”(ZR2016CQ21)。主持人：李昀。2016.11—2019.6。

19.山东省自然科学基金面上项目“牙鲆雌雄差异生长的GH-IGF轴相关基因DNA甲基化模式及其内分泌调控机制研究”（ZR2014CM018）。主持人：何峰。2014.12—2017.12。

20.山东省科技攻关计划课题“松江鲈鱼生殖调控与良种繁育关键技术”(2010GHY10517)。主持人：温海深。2010.1—2012.12。

21.山东省自然科学基金“牙鲆CYP17基因启动子区甲基化模式及其对性腺发育的调控作用”  (ZR2009DQ011)。主持人：何峰。2009.12—2011.12。

22.山东省博士后创新基金“牙鲆繁殖性状相关基因SNP开发及应用”(200702039)。主持人：何峰。2008.12—2010.12。

23.山东省自然科学基金重点课题“卵胎生许氏平鲉繁殖内分泌机制及生理功能调控”(Z2008D03)。主持人：温海深。2008.12—2011.12。